梅州，有着古老而悠久的历史文化，据考古发现和近几年的文物普查统计，梅州有新石器时代文化遗址和遗物点398处。但是从最早见诸文字记载开始，在很长的历史时期，却都是分属于龙川、揭阳、潮州等地，并与这些名字连在一起。秦始皇统一中国北方之后，于公元前219年派大将军屠睢为统帅，率50万大军挥兵南下，辟大庾岭，凿灵渠运河，将“闽中地”、“陆梁地”划入版图，大军分驻大庾、临贺、始安、桂阳、揭阳五岭，“徙中县之民与百粤杂处”，公元前214年在南方辟建桂林、南海、象、闽中四郡，此时梅州属南海郡，地处揭阳之域。
秦末赵佗据郡称王，则属南越。汉武帝元鼎六年即公元前111年，又把南方地分为七郡：南海、苍梧、郁林、合浦、交趾、九真、日南，把南海郡分成六县：番禺、博罗、中宿、龙川、四会、揭阳，而梅州地域则分属于龙川、揭阳两县。晋武帝大康三年，置南康郡，以揭阳为属，则属南康。成帝咸和六年，分南海为东官郡，复以揭阳属则属东官。此后，直至南齐(479—502年)设义安郡，分海阳县，而始置程乡县。梁、陈时程乡被废。至隋炀帝大业三年(公元607年)复以潮州为义安郡时，又置程乡县。这程乡县，就是后来梅州及其名字的前身。
梅州地方一级的行政区划建置，始于五代十国南汉乾和三年（945）即后晋开运二年，升程乡为敬州，领程乡县。宋开宝四年（971）因避宋太祖祖父赵敬之讳，改敬州为梅州。熙宁六年（1073）废梅州复置程乡县，隶属潮州。元丰五年（1082）复置梅州，领程乡县，属广南东路。绍兴六年（1136）废梅州复设程乡县，隶属潮州。绍兴十四年又复置梅州，仍领程乡县，属广南东路。元至元十六年（1279），梅州升为梅州路总管府，至元二十三年，复为梅州，领程乡县，属江西行中书省广东道宣尉使司。元贞元年（1295），梅州隶属潮州路，延祜五年（1318），改直隶广东道宣慰司。明洪武二年（1369），废梅州复置程乡县，属广东布政使司潮州府。清雍正十一年（1733），程乡升格为直隶嘉应州，统领兴宁、长乐、平远、镇平4县加上本属的程乡县称“嘉应五属”，直属广东省辖。嘉庆十二年（1807）升嘉应州为嘉应府。嘉庆十七年复为嘉应州，仍领兴宁、长乐、平远、镇平四县。宣统三年（1911），嘉应州复名梅州。民国3年（1914）废州府制，梅州改名梅县。
中华人民共和国成立后，先后于1949年10月设置兴梅专区，1950年1月26日，国务院发文成立兴梅行政督察专员公署，辖梅县、兴宁、五华、大埔、丰顺、蕉岭、平远7县。1952年底撤销兴梅专区，兴梅7县改隶粤东行政区。1956年2月，粤东行政区分为惠阳、汕头两专区，兴梅7县属汕头专区。
1965年7月设立梅县专区，原兴梅7县从汕头专区分出，归属梅县专区，后改为梅县地区。1979年3月，原梅县所辖梅州镇由区级升格为县级称梅州市后，梅县地区辖7县1市。1983年6月，梅州市与梅县合并改为梅县市后，梅县地区由所辖7县1市改为6县1市。
1988年1月，广东实行市管县体制，梅县地区改为梅州市（3月正式挂牌），辖原兴梅7县及新划县级区梅江区，共7县1区。1994年6月，兴宁县撤县设市（县级），梅州市即辖6县1区，并代管兴宁市。
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关于梅州之“梅”，有几种不同的意见，有“人名说”、有“梅花说”、有“山水说”。“人名说”又有“梅鋗说”和“十朋说”。
[size=10.5pt] “梅鋗说”： 旌梅鋗之功
明朝末年，程乡人李士淳（明进士，翰林院编修）对梅溪之名有如下的论述：“梅鋗，浈水人，匡助汉高祖破秦有功，封于粤，即今程乡地，故号其水曰梅，源溪曰梅溪，名其州曰梅州，皆以梅鋗得名也。”（清《康熙程乡县志》卷一）梅溪宫是祭祀梅溪圣王──梅鋗，自汉朝起，延续至今。当初越族人供奉他，后来汉族移民入乡随俗也虔诚地敬奉他。梅溪在唐朝之前称为恶溪（或鳄溪），“因多险滩，而又有鳄鱼和瘴气，故定为贬谪之地。”在唐末之后，由于已有不断拥入来自北方的汉族人，他们带来了北方的先进和文明，使这片大地逐渐兴旺发达，昔日的瘴疠和魑魅已不复存在，恶溪之名也逐渐消失了。“梅溪”之称在五代的南汉时期开始出现（但在这条江水的下游韩江段及个别支流仍有称恶溪），在梅溪之滨的梅口镇，也始建于五代的南汉初期，取名梅口是依江水而得。
在梅口（松口）的松山下新墟角北有座梅溪宫。清《光绪嘉应州志》述：“今松口松源江合大河处，东岸有金盘宫祀梅溪神。”金盘宫又称梅溪宫，曾于清乾隆十七年（公元1753年）修建，而始建于何时则无考。在宫的正殿柱联曰：“汉时功业清时福，当日威仪此日神。”宫内神牌上安放的神牌曰：“敕封梅溪助国安济侯之神位。”房学嘉在《客家流源探奥》中推证“梅溪宫所奉之神梅溪圣王，即秦汉时的梅鋗无疑。”
《康熙程乡县志》主编、知县刘广聪亦指出：“县以程名，由程日文之贤也。至名州，以梅，则人多不知为汉将梅绢食邑之故。然则其名梅也，以旌功也，其名程，以表德也。后之君子，盍三复于程梅之义乎!”
南汉乾和三年（公元945年），程乡县从潮州府属割出，升为州，改名为敬州。宋朝取代了南汉政权后，开宝四年（公元971年）因避宋太祖祖父赵敬之讳，把“敬州”改为“梅州”。梅州城始建于宋朝，比梅口镇迟了几十年。“梅口镇因梅溪水而得名，而开宝四年改为梅州，实由此也。”（《嘉应州志》卷二）
从公元945年程乡在潮州府属割出，直至设立“嘉应州”（公元1733年）这近八百年中，梅州地方先后五次隶属潮州府管辖。清《顺治潮州府志》卷七载：“鋗，长沙人，番君吴芮将，帅越户将胡害，队将摇毋余从破秦，击项羽。”“鋗以功最大，最先封台侯二千户，今梅州以鋗得名。”
自开宝四年置梅州，此后历宋、元、明、清、民国、建国一千多年，期间，梅州一名虽有反复，但最终还是固定下来，沿用至今。而梅州城治，也相沿为历朝历代的州、路、府、专署、地市的治所，成为粤东梅州地区政治、经济、文化的发展中心。
“梅花说”：古代梅州地区盛产梅，因而得名梅州
据《光绪嘉应州志》等史志记载，唐宋以来，有不少名人，曾路经或逗留梅州，写下许多咏梅诗篇。
唐宣宗时宰相李德懿贬谪潮州，途经梅江，曾作《恶溪诗》一首云：
风雨瘴昏蛮海日，烟波魂断恶溪时，岭头无限相思泪，泣向寒梅近北枝。
说明当时梅江两岸有梅踪迹。
宋淳熙六年（公元1179年），大诗人杨万里任广东提点刑狱时，曾率兵来梅州平息闽盗沈师扰粤，留下不少咏梅诗作：
《自彭田铺至汤田,道旁梅花十余里》
一路谁栽十里梅， 下临溪水恰齐开， 此行便是无官事， 只为梅花也合来。
另有一首《雨中梅花》
霜晴三日不胜佳， 勿作阴霖逆岁华。 客里清愁自无奈， 却教和雨看梅花。
从这两首诗，可知是时梅州境内，遍地皆梅花，且很具观赏价值，若不然，杨万里怎么会吟出“只为梅花也合来”?又何以要冒雨前往观赏?
至清初，梅州城里城外的梅花还是不少的，有史可查的就有：康熙中期程乡(梅县)县令曹延懿，在县城东郊阳东岩一带开辟梅园，植梅数百株，赏览之余，赋诗记其事云：
试种梅花看结子，青酸一样斗风流。
清雍正时梅城进士，官至山西按察史的蓝钦奎，微时家贫苦读，其妻日怨家无“七件”，难以为炊，钦奎每以“自然有”安慰之。某年除夕，债主临门，他便躲到屋外河畔去赏梅，并作《看梅花》一首云：
柴米油盐酱醋茶，七件都在别人家； 今日自然然不得， 不如翻眼看梅花。
时移事迁，近代以来，不知是生态环境有所改变，抑或人们植梅的兴致不高，还是别的什么原因，梅州之梅似有锐减之势。这从前人诗中的记述，亦可看出些迹象。如清同治间，梅县秀才钟莲生写的《梅城晚眺》：
梅山梅水仰清华，一跳芳菲眺望赊。笑煞县名香万古，城前城后少梅花。
光绪二十七年（公元1901）张煜南（榕轩）在为叶壁华《古香阁全集》出版题赠的七言古诗中，起首四句好云：
吾梅夙号梅花乡，处处人家梅树旁。不知何时经剪伐，根株拔尽敛英芒。
宣统时的梅县贡生张芝田（《嘉应乡士志》作者），鉴于昔日县官曹廷懿在阳东岩一带栽种的梅花已经凋零，不胜感慨，故在其《梅州竹枝词》里写道：
问谁肯学曹公雅，补种梅花护佛龛。
梅州历史上留下众多以“梅”命名的山川、古迹、乡镇、村舍，如：梅峰、梅山、梅溪、梅江、梅园、梅林、梅亭、梅塘、梅教、梅子村、梅口镇、梅花山、梅花村、梅子坑、梅子墩、梅子坪、梅子坝、梅子岗、梅子树下等。不难推想古时境内的山野阡陌、溪河堤岸，坑头村尾长满梅树。“梅花说”与“梅鋗说”是两种比较可信的说法，都合情合理，而且两者也有某种关联之处。到底是哪一种说法是真相，又或者两者都是，有待学者们考证！
“山水说”：州以本地之梅山梅溪而名
清乾隆时，梅州知州王之正认为“州之名梅，因鋗而得，梅溪宫神即鋗，则均之诬矣。”“州地本有梅峰、梅水，即谓以山水得名，有何不可？”（《清乾隆嘉应州志》卷十七）
“梅州以山水得名”之山，是指梅峰山。“梅峰在城西门外，明孝子温禧居其麓，遍植梅树因名。”（《嘉应州志》卷四）梅峰之名产生在明朝，是梅州命名之后四百几年的事；而其水是指梅溪，水名为“梅”，当是与山名的“梅”同时而取的。但它早先已另有原意。故以此山名、水名作梅州名字来源的说法（有称作“梅峰说”）似乎有些牵强。
“十朋说”：远在四川的梅溪
王十朋，号梅溪，是浙江乐清县人，宋高宗时（公元1127-1162年）的状元。其家住在小溪边，此溪名为“梅溪”。“溪名旧矣，莫之所自。”（《王十朋全集》）人们称王十朋为“梅溪先生”。他诗文兼长，闻名于世，著有《梅溪集》，曾任四川虁州知府。南宋后，奉节人为纪念王十朋的昭著政绩，把原名为西瀼水的一条长江支流改名为“梅溪河”，沿用至今。并在该地建祠奉祀王十朋。无独有偶，程乡那时也有一条梅溪，只是远在四川的梅溪河的典故，怎么会成为梅州之“十朋说”，实在是令人费解。